Si tenés un servidor linux y por desgracia un intruso logra ingresar a este, podría modificar los archivos binarios de tu sistema, para instalar nuevas versiones que le permitan ocultarse, o correr sniffers (para capturar contraseñas, datos en general), rootkits, etc.
Y vos, ni te enterarías hasta que sea demasiado tarde. Salvo que ...